A török uralom Bosznia-Hercegovinában több mint 400 évig tartott, egészen az 1878-as berlini kongresszusig, amikor az Osztrák–Magyar Monarchia felhatalmazást kapott a terület katonai megszállására.
1878. július 31-én 72 ezer katona szállta meg Bosznia-Hercegovinát. A katolikus vallású bosnyákok üdvözölték az okkupációt, de Szarajevó muszlimjai elítélték, s a Portától fegyvert kaptak, hogy ellenállást szervezzenek. 1878 nyarán 41 ottomán egység állomásozott Boszniában, készültek a keresztény megszállók elleni harcra, így a terület elfoglalása nem zajlott zavartalanul, és komoly anyagi, valamint katonai veszteségekkel járt. Őszre sikerült teljesen elfoglalni a területet, s innentől kezdve az Osztrák–Magyar Monarchia állandó birtokának tekintette, majd közigazgatásilag hosszú időre rendezkedett be a térségben. A Bosznia birtoklásáról folytatott vitákat már korábban, 1876-ban sikerült rendezni a reichstadti egyezmény keretében: Oroszország ekkor kapott felhatalmazást Besszarábia déli részének beolvasztására. Bosznia-Hercegovina megszállása még a birodalmon belül is feszültséget okozott, a magyar és német politikusok ugyanis attól tartottak, hogy felbomlik a birodalom belüli nemzetiségi egyensúly a szláv többség miatt. Világossá vált, hogyha a Monarchia nem lép, akkor a terület Szerbia fennhatósága alá kerülhet, aki egyesíteni kívánta a délszláv területeket. Természetesen a Porta is ellenezte a külső ellenőrzést a korábban befolyási övezetének tekintett térségben. Horvátországnak sem lett volna ellenére, ha a területet a maga számára szerzi meg, ami az egyik legfőbb nemzeti célkitűzés elérését jelentette volna: a délszláv egység létrehozását. A fenti okok miatt a berlini kongresszuson csupán a terület megszállása mellett döntöttek, a teljes annektálásra később került sor.
Bosznia-Hercegovinában osztrák közigazgatást vezettek be, s közös pénzügyminisztert helyeztek az élére, aki teljhatalmat kapott. 1882 júliusától haláláig Kállay Benjámin töltötte be ezt a posztot. A korábbi belgrádi főkonzul jól ismerte a Balkánt és felmérte a feladat súlyát: számolt azzal, hogy a hivatali rendszer megszervezése a térség elmaradottsága miatt nem fog zökkenőmentesen végbe menni. A Habsburg intézmények bevezetése után megnőtt az állami beosztottak száma, akik a birodalom különböző részeiről érkeztek, többségük szláv származású volt: horvátok, csehek, lengyelek és szlovén tisztviselők is hivatalt vállaltak. Elkerülhetetlenné vált, hogy növeljék az adóterheket a hatékonyabb közigazgatás és iskolarendszer létrehozása érdekében. Bosznia-Hercegovina soknemzetiségű volta is gondot okozott, veszélyként merült fel, hogy vagy Horvátország, vagy Szerbia igényt tart a területre az ott élő kisebbségek beolvasztása miatt. A török uralom idején az embereket vallásuk alapján kategorizálták be (ortodox, katolikus vagy muzulmán vallás szerint), de később létrejött egy szláv származású, szerbhorvátul beszélő muzulmán kisebbség, amely külön egységet alkotott. Mind a szerbek, mind a horvátok úgy vélték, hogy csak velük együtt lehetnek többségi nemzetiség. Kállay ezt felismerve kísérletet tett arra, hogy támogassa a külön boszniai nemzetiség eszméjét, ami azonban nem oldotta meg a térség etnikai feszültségeit. A szerb fenyegetés veszélye miatt a Habsburg hatóságok általában a horvát érdekeket támogatták: a császári intézmények külön előjogokkal ruházták fel a katolikus egyházat, a hivatali állásoknál a katolikus vallásúak nagyobb eséllyel indultak a pozíció elnyeréséért. Ez az időszak a horvát befolyás térnyerését eredményezte, és egyre több híve lett Dalmácia, Bosznia, Horvátország és Szlavónia uniójának.
1908. október 6-án az Osztrák–Magyar Monarchia annektálta Boszniát, ami külpolitikai válságot eredményezett. Magyarország is csak azzal a feltétellel egyezett bele, hogyha soha nem kerül sor a Horvátországgal való unióra. A lépés elmélyítette a Monarchia és Szerbia ellentétét, valamint kiváltotta Oroszország felháborodását. A morvaországi Buchlau-ban Izvolszkij és Aehrenthal külügyminisztereknek sikerült megegyezésre jutniuk: a tengerszorosok megnyitása fejében az oroszok szemet hunytak az annektálás ténye felett, valamint létrehozták a független Bulgáriát. Az annexió után újraszerveződött a Streifkorps nevű, muszlimokból álló egyesülés, amely demonstrációkat szervezett. Bosznia-Hercegovina a birodalmon belül tartományi szintre került, saját országgyűlést kapott, de csak korlátozott törvényhozói jogkörrel. A törvényeket a közös pénzügyminiszter, valamint az osztrák-, illetve a magyar parlament megvétózhatta. Az országgyűlésen belüli muzulmán-horvát együttműködés a szerbeket kisebbségbe szorította, s felszította bennük a nemzeti érzést. A Horvát-Szerb Koalíció eltérő programokat valló pártokat és egyéneket egyesített magában, s komoly aggodalomra adott okot kormányzati körökben, ugyanis kiállt a Monarchiában élő délszlávok közötti együttműködés eszméje mellett, egyben megpróbált véget vetni az előző korszakra jellemző horvát-szerb ellenségeskedésnek.
1909-ben az annexió után a Horvát-Szerb Koalíció több tagját bíróság elé állították– ez volt a (zágrábi) Agram- vagy Friedjung-per. A kormánytisztviselők koholt vádak alapján próbálták az ítéletet kicsikarni, de ellenállásba ütköztek, hiszen a perek még erősebbre fonták a koalíció tagjai közötti együttműködést. Az annexiós válság hozta létre a Narodna Odbrana (Honvédelem) szervezetét, amely a délszláv országokban ügynökhálózatot épített ki. A másik az Ujedinjenje ili Smrt (Egyesülés vagy Halál), közkeletű nevén a Fekete Kéz, 1911-ben jött létre Dragutin Dimitrijević vezetésével, s szintén nagyszerb programja volt. A két szervezet titkos kapcsolatot épített ki egymással. Egy szélsőséges nézeteket valló boszniai író így vélekedett: „Atyáink, zsarnokaink saját elképzelésük szerint alkották meg a világot, és most ebbe akarnak belekényszeríteni minket.” 1910 és 1914 között a Monarchiában működő ilyen csoportok számtalan erőszakos cselekményt hajtottak végre kormányzati hivatalnokok ellen: 1910 májusában boszniai látogatása során Ferenc József ellen kíséreltek meg merényletet, két évvel később egy boszniai diák rálőtt Slavko Cuvaj horvát bánra. A két szervezet a szarajevói merényletben is komoly szerepet vállalt. 1914. június 28-án a szerb nemzeti ünnepnapon, – az 1389-es rigómezei csata évfordulóján – a magát szerb hősnek nevező Gavrilo Princip meggyilkolta Ferenc Ferdinánd trónörököst és feleségét, felrobbantva ezzel a „lőporos hordót”.
A délszláv egységtörekvések az első világháború lezárása után realizálódtak, miután létrejött a Szerb-Horvát-Szlovén Királyság (1929-től Jugoszlávia). A soknemzetiségű Balkán főként vallási hovatartozásból eredő ellentétei az egész 20. századot meghatározták, s nem sikerült elérni, hogy a térség népei egy nemzetnek tekintsék magukat.
Hollósy Katalin